El conocimiento documental tradicionalmente ha sido organizado utilizando mecanismos básicos de clasificación jerárquica : Dewey y Clasificación Decimal Universal (CDU) y los encabezamientos de materia (clasificación asociativa). Actualmente, más orientado a la recuperación, se utilizan descriptores de un lenguaje controlado con el soporte de un thesauro, dichos modos de almacenamiento y recuperación de la información han jugado un papel fundamental en el uso generalizado y estandarizado de sistemas documentales, permitiendo a los documentalistas tener unos modelos comunes y aceptados en la descripción y almacenamiento de la información.
La construcción de ontologías lleva implícito que cada término y cada relación entre términos se defina formalmente. Los conceptos se describen explícitamente para entender su significado mediante acuerdos ontológicos. Con ello, un usuario que desee reutilizar una ontología desarrollada por otros puede conseguir la información de todos los conceptos que soporta, su taxonomía y los axiomas. A diferencia de los thesauros las ontologías poseen una mayor variedad de relaciones entre conceptos.
En cuanto al almacenamiento del conocimiento en un sistema documental se puede organizar definiendo cada concepto y las relaciones que existen entre ellos de forma explícita, con ello se ganará unificación formal del almacenamiento de esa
información . Las ontologías se construyen siguiendo esta filosofía por lo que pueden ser reutilizadas en diferentes dominios y con diferentes fines.