Fuentes de variación¶

El paso más importante en el diseño es conocer las fuentes de variación y error en nuestro experimento.

Las fuentes de variación pueden ser de dos tipos.

TÉCNICA:

• Experimental y limitaciones de las tecnologías. Con la mejora de la tecnología cada vez está variación es menor; pero puede ser importante cuando se ponen a punto en el laboratorio.

BIOLÓGICA:

Depende de nuestro experimento, se puede clasificar:

• Variabilidad entre individuos.Depende del estudio, normalmente no podemos seleccionar.
• Variabilidad en las condiciones experimentales controladas (Ej: Dosis de hormonas). Desarrollo y control del experimento riguroso.
• Variabilidad debida a factores no controlados. Realizar un diseño de experimento lo más homogéneo posible.
• Heterogeneidad de la muestra. Intentar seleccionar el tejido o células que nos interesan. Cuanto más homogénea sea la muestra mejor serán los resultados.

Heterogeneidad de la muestra¶

Los organismos y tejidos que manejamos son complejos y formados por diferentes tejidos. Al analizar la expresión de una flor en el estadio de antesis estamos obteniendo un promedio de la expresión de los genes a partir de la colora, cáliz, estilo, etc. Las variaciones en el porcentaje de cada tejido en la muestra nos alteraran la expresión y nos diluirán las diferencias.

from http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Mature_flower_cropped-es.svg

Este razonamiento lo podemos aplicar cuando únicamente hablamos de un tejido, un tejido esta formado por diferentes tipos de células y cada una de ella tiene su patrón de expresión. Y así hasta la individualidad celular. Cuanto más podemos aislar las células o tejido que nos interesa más exacta será la medida de la expresión. Así mismo hay que homogeneizar las muestras lo máximo posible para evitar variaciones en su composición.

Cuantificación de la variación¶

Como hemos vitos es imposible evitar la variación, por lo tanto es necesario cuantificarla y trabajar con ella.

Es necesario tener en cuenta la variabilidad de nuestros datos para poder llegar a conclusiones validas.

La manera de cuantificar la variación es realizando replicas del experimento; tanto biológicos como técnicos.El número de replicados depende del experimento, pero usualmente se realizan tres replicados.

Diseño de experimentos:¶

Réplicas técnicas:

• Nos informan de la variabilidad técnica.
• Necesarios para evaluar la tecnología
• Puesta a punto del sistema
• Sin información biológica

Réplicas técnicas y biológicas:

Nos informa de ambos tipo de variabilidad; pero es costoso a nivel experimental.

Si los microarrays ya han sido evaluados y se tiene amplia experiencia en la hibridación, la variabilidad técnica es pequeña y la podemos incluir con la biológica. De ese modo reducimos el número de microarrays.

Microrrays de cDNA¶

Los microarrays de cDNA suelen hibridarse con dos muestras a la vez cada una de ellas marcada con un fluoróforo distinto. Una de ellas hace de referencia y no servirá para comparar la hibridación de diferentes microarrays. La media de expresión se da del siguiente modo:

log2(intensidad rojo/intensidad verde)

from http://en.wikipedia.org/wiki/File:Microarray-schema.jpg

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